חיידקים הם אחד המיקרואורגניזמים המעניינים ביותר בכל אלה שנלמדים ממיקרוביולוגיה. לחקירות שיש בהן יצורים מיקרוסקופיים וחד-תאיים כגיבורים, יש להן השפעה ישירה על תחומי עניין שונים למדע ולכל מיני פעילויות אנושיות, מרפואה ועד חקלאות.
אם ניקח בחשבון תזונה של פרוקריוטים, אנו מוצאים את כל האפשרויות הקיימות ביצורים חיים. באופן לא מפתיע, חיידקים הם האורגניזמים הראשונים שנמצאים על פני כדור הארץ ובמיליארדי השנים שהם התפתחו הם הסתגלו לכל אמצעי וצורת התזונה האפשריים.
הטרוטרופים, רוב התאים הפרוקריוטים הם הטרוטרופיים. כלומר, הם משיגים את המזון שלהם על ידי שילוב חומר אורגני שנוצר על ידי יצורים חיים אחרים. מתוכם, רוב הם saprophytes, מה שאומר שהם ניזונים מת אורגני משנה ובכך לתרום מיחזור העניין במערכות אקולוגיות.
הם יכולים לבצע קטבוליזמים אירוביים - באמצעות חמצן ואנאירובי, באמצעות תסיסות, שרבות מהן שימושיות לתעשיות שלנו.
ישנם חיידקים הטרוטרופיים החיים הקשורים לאורגניזמים אחרים, בעלי תועלת הדדית, ולכן הם יהיו סימביוטיים. דוגמה מובהקת היא Escherichia coli, חיידק החי במערכת העיכול האנושית. אוכלי עשב רבים יכולים לנצל את התאית בזכות הצומח המיקרוביאלי בדרכי העיכול שלהם המכילים את האנזים צלולאז. סימביוזה נוספת היא של כמה צמחים עם חיידקים שמקבעים חנקן אטמוספרי (Rhizobium) בו הצמח מנצל חלק מהחנקן שמקבע החיידק, שבתורו מנצל חלק מסוכרי הצמח.
רבים אחרים הם טפילים, הם מנצלים את החומר האורגני של אותו יצור חי אחר שגורם לו לאובדן; זה המקרה לגבי כל החיידקים הפתוגניים הגורמים למחלות. כמה פתוגנים (כלמידיה, רככת וכמה מיקופלזמות) פשטו את מבנהם ויכולים להתרבות רק בתוך תא אחר: הם טפילים מחויבים.
בתוך הקבוצה האקזוטית של המיקסובקטריה, סוג של חיידקים חלקלקים בעלי יכולת לצבור כמה תאים ליצירת מבנים המאפשרים להם נדידה, הם כוללים כמה שהם טורפים של חיידקים אחרים.
חיידקים ניזונים ממשאבים אלה, וכפי שציינו, אסטרטגיות ההישרדות שלהם מגוונות מאוד. ללא ספק, כולם מהווים דוגמה להסתגלות אבולוציונית לאורך ההיסטוריה והם ממשיכים להיות כך עד עצם היום הזה, בעלי תפקיד מהותי בטבע ובמחזור החיים של כדור הארץ שלנו.
