המילה מולקולה היא צמצום של המילה הלטינית "שומות" שמשמעותן מסה, ולכן פירוש המולקולה הוא "מסה קטנה". מולקולה היא איחוד או סט של שניים או יותר אטומים, אשר יכולה להיות זהה או שונה, אם האטומים הללו מופרדים זה היה לשנות את תכונות החומר.
מולקולה היא יציבה ומערכת ניטרלים מבחינה חשמלית המורכבת הסט של שניים או יותר אטומים מקושרים על ידי קשרים כימיים, אשר נקראים קשרים קוולנטיים. אטומים אלה יכולים להיות זהים למקרה של מימן (H2) וחמצן (O2), שהם מולקולות דיאטוניות, או שהם יכולים להיווצר על ידי אטומים שונים, כפי שקורה במים (H2O), המורכבים משני אטומי מימן. ואחד של חמצן וגז מתאן (CH4), שבמולקולת שלהם ארבעה אטומי מימן המקושרים לאחד של פחמן.
המולקולה נחשבת החלק הקטן ביותר שניתן להשיג מן העניין, כך שניתן לשמור על התכונות הכימיות שלו. הסיבה העיקרית לכך שנוצרות מולקולות היא שיש אטומים שנוטים להגיע למצב אנרגיה מינימלי וכדי להשיג זאת היא עושה זאת באמצעות קשרים קוולנטיים עם אטומים אחרים המציגים את אותו המצב, אי אפשר להמיס קשר זה בקלות., וזה כאשר מולקולה נולדת.
בחומר, המולקולות המרכיבות אותן אינן סטטיות, להפך, הן נמצאות בתנועה מתמדת, הנקראת רטט מולקולרי, וזה בתורו יכול להיות כיפוף או מתח.
