הרפטולוגיה מתייחסת לטטרפודים פויקילותרמיים או בדם קר (בעלי חוליות ארבע רגליים). "הרפס" כולל זוחלים כמו לטאות, נחשים, תנינים וצבים, ודו-חיים כמו צפרדעים, קרפדות, סלמנדרות, טריטונים, גורי מים, כרסיות, בנות ים וצלילונים. הרפטולוגיה עוסקת בחקר מוניות קיימות כאלה ואפילו מוניות נכחדות.
זוחלים ודו-חיים חולקים פואיקילותרמיה ולעתים דמיון שטחי זה לזה (למשל, סלמנדרות ולטאות מבולבלות לעיתים קרובות), אך שתי קבוצות אלו שונות מאוד. ההבדל המהותי הוא שדו-חיים כולל את כל הטטרופודים שאין להם ביצי מי שפיר, ואילו הזוחלים הם הטטרופודים והמי השפיר (בעלי חיים שעובריהם מוקפים בקרום מי השפיר העוטף אותו במי השפיר). ישנם הבדלים רבים אחרים.
לדוגמא, לדו-חיים נוטים להיות עור חדיר המאפשר החלפת גז, לעתים קרובות נקשר למים לפחות חלק מחייהם, יש להם עור בלוטות, ורבים מהם מייצרים הפרשות רעילות בחלק מבלוטותיהם. עור, טורפים ובדרך כלל טעם רע. לעומת זאת, לזוחלים יש עור יבש ומהודק, בדרך כלל מוגן על ידי קשקשים, שבדרך כלל יש מעט או בלי בלוטות. מינים רבים של זוחלים אינם מבלים חלק מחייהם ליד מים, ולכולם יש ריאות. זוחלים נפוצים בדרך כלל, אם לא תמיד, מטילים ביצים או יולדים ביבשה, כולל צבי ים, שמגיעים רק לחוף למטרה זו. שוב, ייתכן שהיצורים הנכחדים גילו הבדלים מסוימים.
למרות הבדלים אלה בין דו-חיים לזוחלים, הם מהווים מוקד משותף תחת מטריית הרפטולוגיה. יתר על כן, למרות ההבדלים בין שתי קבוצות אלו לבין דגים (חוליות חוליות שאינן tetrapod), אין זה נדיר שחברות מדעיות הרפטולוגיות ואיכתיולוגיות (מחקר דגים) "מתאחדות", מפרסמות כתבי עת משותפים ומקיימות ועידות משותפות במטרה עידוד חילופי רעיונות בין תחומים אחת החברות היוקרתיות ביותר של הרפטולוגיה היא דוגמה לכך: האגודה האמריקאית לאיכטיולוגיה והרפטולוגיה.
