למונח זה מושגים שונים, כל אחד מהם יהיה תלוי במומחיות המדעית במקום בו הוא מיושם. לדוגמא, בביולוגיה, אפיגנזה היא תיאוריה ישנה אודות המנגנון שבאמצעותו בני אדם מתפתחים, כלומר, עובר מתפתח החל מהזיגוטה שעדיין לא הובחנה, מה שמראה על קיומם של יסודות מיניאטוריים, איברים שכבר קיימים בגימטריות.
תיאוריה זו סותרת את תורת העיצוב המוקדם, הקובעת כי התפתחות העובר מייצגת את צמיחתו של אורגניזם שכבר נוצר מראש. עם זאת , על פי האפיגנזה, האיברים המרכיבים את העובר נוצרים יש מאין, באמצעות גירויים שמקורם בסביבה.
תיאוריה זו מפרשת את מנגנון הכוונון הסופי, שבאמצעותו כל יצור מחובר, בצורה יעילה לסביבתו, החל מהיכולות הכלולות בקידוד הגנטי שלה. מכיוון שגנים הם בדרך כלל חלק מרשת אינטראקציות מעט מורכבת השומרת על משוב. ולכן הם לא ממשיכים באופן עצמאי.
לאורך ההיסטוריה היה מאז ומתמיד דיון העומד מול התיאוריה האפיגנטית עם התנהלות מקדימה. עם זאת, הפורפורמציוניזם מגיע לסיומו, אותו רגע בו הטכנולוגיה הצליחה להראות את מקורן האפיגנטי של איברים. יש להוסיף כי הדיון הזה היה אחד ההיסטוריים שנראו אי פעם, והוא נערך במאה התשע עשרה.
עכשיו, בתחום מינרלוגיה, מונח האפיגנזיס משמש כדי להתייחס השינוי של כימיים הטבע של מינרלים, ללא הצורך לשנות את המבנה שלה.
