ניתן להגדיר מיקרואורגניזמים כסוג של יצורים חיים בעלי גודל קטן עד כדי כך שהם בלתי נראים לעין האנושית. אלה יכולים להיות מסוגים שונים, בין החשובים ביותר שנוכל להדגיש אצות, פטריות, חיידקים וכו '. יש מי ששומר על ההשערה שחלק ממיקרואורגניזמים היו מבשר החיים על פני כדור הארץ, בעוד שהנחות אחרות מסובכות מעט יותר מאשרות שמדובר במוצא מחוץ לכדור הארץ וכי באותה עת הם התרחבו על פני כדור הארץ ונתנו החיים לכל מה שיש היום. באופן כללי, מקובל מאוד שמיקרואורגניזמים מורכבים מתא ייחודי, אולם אין זה אומר שאין כאלה המורכבים מתא אחד בלבד.
מונע מהצורך להתמודד עם מחלות, לחקר המיקרואורגניזמים היה דחף גדול, מסיבה זו ככל שהרפואה התפתחה באותה צורה שהידע ביחס ליצורים חיים אלה.
מיקרואורגניזמים מסוימים נחשבים כאחראים לפגיעה במזונות מסוימים, שעלולים להזיק לאותם אנשים שצרכו מזונות כאלה, ולגרום למחלות שונות, למרות זאת ישנם מיקרואורגניזמים מסוימים שיכולים לתרום להליכים שונים, דוגמה לכך היא תסיסה שבה משתמשים באורגניזמים האמורים על מנת לייצר מזונות כגון יוגורט או גבינה, כלומר ישנם מיקרואורגניזמים שיכולים לשנות את תצורתם של מזונות מסוימים או אפילו להאריך את תוחלת החיים שלהם.
המיקרואורגניזמים בעלי הנוכחות הגדולה ביותר בטבע הם חיידקים, אשר ניתן למצוא בסוגים שונים של בתי גידול, ישנם חיידקים העלולים להזיק לבריאות האדם, דוגמה לכך היא " Escherichia coli ", שאחראי על מחלות כמו ספטמיה. למרות זאת, ישנם חיידקים אחרים שיכולים להועיל לגוף, דוגמה היא "לקטובצילוס אסידופילוס" אשר יכולת לייצר חומרים שונים כמו ויטמין K ומי חמצן שיכולים להועיל מאוד עבור אורגניזם.
