זיהום נקרא תהליך בו מתרחשת אוכלוסיה מחודשת של קבוצה של אורגניזמים או גורמים חיצוניים המוחדרים לגוף, בתחום הרפואה אורגניזמים אלה ידועים בשם המארח ונחשבים כגורמים מזיקים של די רלוונטי לבריאות הרוכשים אותם, ואף עלול לפגוע בתפקוד התקין, בהישרדותו ובפיתוחו של האורגניזם הנ"ל. אורגניזמים זרים אלה לגוף יכולים להיכנס לגוף בדרכי גישה שונות, כך למשל נגעים בעור דרך דרכי הנשימה (אףופה), שמייצר אצל האדם הנגוע שינויים שונים באיברים ובתפקודים שלהם, חומרים אלה נעים בכל הגוף כמו גם בזבוזו דרך נתיבי הובלת דם או לימפה.
אז ניתן לומר שזיהום הוא סוג של קולוניזציה של גורמים חיצוניים לאורגניזם נחוש אחר. משהו שחייבים להיות מודעים אליו הוא כי האורגניזמים הרב-תאיים בשלמותם בשלב כלשהו בחייהם יציגו סוג כזה של קולוניזציה, אולם חשוב לציין כי לעיתים ניתן להתייחס לתהליך זה כקשר סימביוטי ב כאשר אף אחד מהאורגניזמים המעורבים לא יושפע לרעה מהאחר. עם זאת, כאשר חריגות כמו גירוי או כאב מתרחשות בתהליך זה זה כאשר האדם נמצא בנוכחות זיהום, שבו יופעל מאבק בין האורגניזם האחראי לזיהום לבין המארח, שעליו למנוע מהתרבות גורמים חיצוניים.
כדי שמערכת יחסים סימביוטית תהפוך לזיהום, חייבת להתרחש סדרה של תהליכים ולהתרחש מערך נסיבות ספציפיות. הדבר הראשון הוא כניסת המיקרואורגניזמים לגוף, ואז הדגירה שלהם תתרחש, מאותו הרגע רמת או מידת הזיהום תהיה תלויה בכמות המיקרואורגניזמים שהתרבה ובפסולת או הרעלים שהתפשטו דרך של הגוף. בין האחראים העיקריים לזיהומים הם נגיפים, פטריות וחיידקים.
