המלחמה הקדושה היא סכסוך שנגרם על ידי הבדלים בין דתות, במיוחד על ידי נוכחותם של דתיים קיצוניים המאמינים בדוגמה מונותאיסטית (קיומו של אל אחד בלבד), על מנת להגן על האידיאולוגיות הדתיות שלהם, כמו גם המקומות שהם רואים כקדושים על פי אמונותיהם ובמקביל מטפלים בסכסוכים האמורים כאסטרטגיה לפרסום תורת אמונה שלהם, באמצעות הרחבה באמצעות שימוש באלימות. במלחמות הקודש הראשונות בהיסטוריה, האיסלאם והנצרות הם הגיבורים.
באופן ספציפי, המלחמה הקדושה ממוצא אסלאמי, הייתה נקודת המוצא שלה בשנת 622 לערך, בזמן ש"מוחמד "משדר את המסרים הישירים של אלוהים, הוא איים במוות על ידי יריביו או אויבי האסלאם ומסיבה זו היגר. מ"מכה לאזור שנקרא "מדינה", זוהי עיר שנמצאת 300 ק"מ צפונית למכה, בחברה עם חסידיו.
מוחמד התגורר באזור מדינה והתייצב בראש קהילה דתית חדשה בסביבות שנת 629; לאחר מכן, יחד עם צבא של עשרת אלפים איש, נסע שוב למכה, שהייתה עיר שנכבשה כמעט ללא התנגדות מצד העם. לאחר מכן, במיוחד בסביבות שנת 1054, פרצה מלחמת קודש בין האיסלאם והכנסייה הקתולית, משום שהקתולים רצו לשחזר את הקבר הקדוש של ירושלים, שהיה באותה תקופה בידי המוסלמים.
בימי הביניים, מסעי הצלב היו בעיקר מסעות צבאיים, שאורגנו על ידי הכנסייה במטרה להחזיר את הקבר בירושלים מהשלטון המוסלמי, ולקחו צורה של "מלחמה קדושה" אמיתית.
הכנסייה הקתולית החלה לארגן מסעות צבאיים לסדר, כולל להקרין את השפעתה על השטח הביזנטי, הנשלט על ידי הכנסייה האורתודוכסית, שהייתה הכנסייה הביזנטית שהוקמה עם הסכיזם בשנת 1054, ועצמאית מאפיפיור רומא.
במשך כמעט 200 שנה התארגנו שמונה משלחות אשר סיפקו אלימות רבה כלפי אנשים שאינם נוצרים. המוצלח ביותר היה מסע הצלב הראשון, שצור וכבש את ירושלים ואף החזיק ממלכות שונות בעובש פיאודלי, אך במאה ה -12 הטורקים השיבו את הממלכות, כולל ירושלים.
