הם מייצגים את האיחוד של שתי חומצות אמינו או יותר באמצעות קשר בין המקור לפפטידים. במוצרים ובחלבונים קשרים אלה קשורים לקשרים פפטידיים ותוצאת התגובה של קבוצת הקרבוקסיל, עם קבוצת האמינו של אחרת, עם חיסול מולקולת מים.
פפטיד האג"ח (-CO-NH-) מיוצגת לרוב כקשר יחיד. ללא זאת, יש מספר מאפיינים המשוערים כקשר כפול. מכיוון שחנקן פחות אלקטרוני שלילי מחמצן, לקשר CO יש 60% קשר כפול ואילו הקשר ל- CN הוא 40%. לכן, לקשרים CO ו- NC של קשר הפפטיד מאפיינים ביניים בין הקשר היחיד לקשר הכפול. למעשה, המרחקים הבין-אטומיים שנמדדו בקשרים CO ו- CN הם מתווכים בין החיבורים הבודדים לקשר הכפול. סידור אטומי זה מיוצב על ידי תהודה, כך שששת האטומים המעורבים ביצירת קשר הפפטיד כלולים באותו מישור.
תוצאה חשובה נוספת של התהודה היא שהיא מגדילה את הקוטביות של הקשר הפפטידי וקובעת רגע דיפול (איור ימני בטבלה לעיל). מסיבה זו, כל קשר פפטיד יכול להשתתף בשני קשרי מימן. באחת מהן, הקבוצה -NH פועלת כתורמת מימן ובשנייה הקבוצה -CO- פועלת כקולטן מימן. מאפיין זה תורם באופן משמעותי לקיפול תלת מימד של חלבונים, כפי שנראה בהמשך.
חלקי הטבע של הקשר הכפול מונע סיבוב חופשי של הקשר כי מצטרף אטומי C ו- N ב בקשר פפטידי. נוקשות זו של הקשר הכפול מגבילה את אפשרויות הקונפורמציה של הפפטידים. ישנן שתי תצורות אפשריות:
- תצורת CIS: שני ה- Ca's נמצאים באותו צד של הקשר הכפול.
- תצורת טרנס: שני ה- Ca's נמצאים בצד אחר של הקשר הכפול.
יש לציין כי באופן כללי, הקשר של הפפטיד מיוצג כקשר יחיד. בכל מקרה, יש לו כמה מאפיינים שהופכים אותו קרוב לקשר כפול. זו הסיבה שמומחים מציינים בדרך כלל שלקשר לפפטיד יש תכונות שמציבות אותו באמצע הדרך בין קשר יחיד לקשר כפול.
