קטקומבות קמו בהתייחס לקטקומבות רומא, שם שניתן במקור לבית קברות עתיק הממוקם לא הרחק מהדרך האפיאנית. בית הקברות של התמימים (ליד סנט אוסטש, באזור Les Halles) היו כבר בשימוש במשך כמעט עשר מאות ו הפכה למקור של זיהום עבור המקומיים. לאחר תלונות רבות, החליטה מועצת המדינה, ב- 9 בנובמבר 1785, לאסור את השימוש הבא בבית העלמין של התמימים ולבטל את תוכנו.
המחצבות שאינן בשימוש נבחרו לקבל את השרידים; העיר של פריז סיימה כרגע בדיקה כללית של המחצבות לחזק את הכבישים הציבוריים ערערו על ידם. עבודות הבנייה בוצעו במחצבה "טומב-איסוייר", תוך שימוש בכמויות גדולות של אבן, חיזוק הגלריות והשלמתן באמצעות חפירת גרם מדרגות, צידתו של פיר שאליו ניתן לזרוק את העצמות.
העברת השרידים יכלה להתחיל לאחר ברכת וקידוש האתר ב- 7 באפריל 1786, ונמשכה עד 1788, תמיד עם רדת החשכה ולאחר טקס שבו תהלוכת כמרים בשפע שרה את שירות המתים. לאורך הכביש ליד העגלות העמוסות בעצמות, שהיו מכוסות ברעלה שחורה. ואז, עד 1814, האתר קיבל את שרידי כל בתי העלמין בפריז.
היו סיבות נוספות שהובילו לבחירה בחפירות תת קרקעיות. בשנת הנוצרים, התחושה של הקהילה הייתה חייה בעצמה רבה: הם רצו גם להיות יחד " חלום של מוות ".
על פי החוק הרומי, קבורת הנפטרים בין חומות העיר הייתה אסורה, כל הקטקומבות אותרו לאורך הכבישים הקונסולריים הגדולים ובאופן כללי בפרברי התקופה.
הקטקומבות של פריז נפתחו מחדש ב- 14 ביוני 2005, לאחר כמה חודשים של סגירה לבנייה. התאורה הותאמה, קמרונות הועברו וחיזקו את קירות העצם.
