האטימולוגיה של המונח אוטוכתוני באה מלטינית " אוטוכתנים " , וזה בתורו נגזר מיוונית "αὐτόχθων" , שמשמעותה מתאימה לאדמה או נוצרת מעצמה מהאדמה. מקור המילה אוטוכתונית מקורו במיתולוגיה היוונית, בתוך מיתוסים אלה האוטוכתונים היו גברים שקמו מהאדמה, כ יורה או צמחיה, מסיבה זו הם לא נחשבו לילדי האלוהות גאיה (אלת ידועה ששווה ל אמא אדמה), גם לא היה להם אב קדמון, ולכן הוא הושווה לשיח, בגלל שהוא פשוט נולד מהאדמה.
מאוחר יותר המונח אומץ להתייחס לכל מה שמקורו מהמקום בו כל דבר נמצא, כלומר, הכוונה היא למשהו יליד אזור, מונח זה משמש להתייחס לדברים, אנשים, מסורות, מוצרים בין היתר. לדוגמא, כאשר מדובר ילידי אנשים או האבוריג'ינים, הם ידוע בתור נושאים קדום של המקום שבו הם מתגוררים וזה בגלל שהם נותרו מסורתיים באותו מקום מאז את מקור היווצרותם בתור שבט או קהילה. לדוגמא, טנגו הוא ביטוי תרבותי אוטוכתי של ארגנטינה, או שדוב הקוטב הוא זן אנדמי של הקוטב הארקטי, כלומר, הוא יכול להיוולד ולהתפתח רק בתנאים אלה בשל מאפייני העור, הפרווה וההטמפרטורה בה היא יכולה לשרוד.
שדה אחד שבו מונח זה משמש באופן נרחב הוא כאשר מדברים על הלא תעשייתי, מוצרי תרבות פולקלור, הוא בתחום הגסטרונומיה, מוסיקה, אמנות פלסטית ושונים ביטויים אמנותיים.
