בתחום הכימיה, גשר מימן הוא הקשר שמקורו, תוצר של הכוח האטרקטיבי הקיים בין אטום חמצן לאטום מימן אחר, חנקן או פלואור, שיש להם מטען שלילי. אטרקציה זו ידועה בשם "אינטראקציה דיפול-דיפול" ויוצרת קשר בין הקוטב החיובי של חלקיק אחד לקוטב השלילי של אחר.
דרך גשר המימן ניתן לקשר חלקיקים שונים ואפילו מגזרים שונים של אותו חלקיק. כעת, אטום המימן, בעל המטען החיובי, נקרא אטום תורם, ואילו האטום של שאר היסודות (חמצן, מימן ופלואור) מאמץ את השם אטום הקולט של האיחוד.
בתוך דנ"א, חלבונים ומים למשל ניתן למצוא קשרי מימן ובזכות זה מקורן של כמה תופעות חשובות, כגון נקודת הרתיחה של מים, זאת מכיוון שהמים מייצגים חלקיק קוולנטי, שיש לו קשר מימן, בין המימנים הקיימים במולקולה לבין החמצן של המולקולה הבאה, ובזכות התהליך המוזר הזה המים מתחילים ליצור רשתות המספקות להם מאפיינים מעניינים.
רבים מהמאפיינים של קשרי מימן נוצרים עקב עוצמת המשיכה הנמוכה שהם מציגים, בהשוואה לקשרים קוולנטיים ולכן חומרים מסוימים יכולים לעבור שינויים בתכונותיהם.
לבסוף, חשוב להדגיש כי לקשרי מימן יכולים להיות ערכים שונים ביחס לאנרגיה הקיימת בקשרים שלהם. ערכים אלה באים לידי ביטוי KJ / mol (קילוג'אול לכל Mol), שהינה יחידת אנרגיה לכל כמות של חומר.
