המילה מיקרואורגניזם מקורה ביוונית, נוצרת על ידי "מיקרו" שפירושה קטן, בתוספת השורש "אורגנון" שפירושו איבר, כלי או מכשיר, והסיומת "איזם" שמשמעותה פעילות או מערכת. המיקרואורגניזם מובן כי הם כל אותם אורגניזמים, צורות חיים או יצורים חיים חד תאיים, ברובם, אם כי במקרים מסוימים הם אורגניזמים סנוטיים המורכבים מתאים רב-גרעיניים קטנים מאוד, או אפילו רב-תאיים, אשר ניתן לחלקם רק באמצעות מיקרוסקופ; המדע החוקר תופעות מיקרוסקופיות אלו הוא מיקרוביולוגיה. מיקרואורגניזמים אלה כוללים חיידקים, נגיפים, עובשים ושמרים.
ראוי לציין את המיקרואורגניזמים הללו, המכונים גם חיידקים; הם עלולים לגרום נזק או הידרדרות של מזונות רבים, ובכך לגרום למחלות כאשר הם נצרכים עקב זיהומם, אלה מיקרואורגניזמים פתוגניים, שאם לא נאבק בהם בזמן, האדם הנגוע, החיה או הצמח עלולים לסבול ממחלות שיכולות ליצור סיבוכים, ובכך לסכן את חייך או להדביק אנשים שיש להם קשר איתם. למרות שישנם כמה מיקרואורגניזמים פתוגניים שאינם גורמים להידרדרות כזו במזון, ולכן חשוב להוסיף שישנם מיקרואורגניזמים שבדרך כלל הם בעלי תועלת ותועלת., עד שהם משמשים בעיבוד מזון על מנת להאריך את עמידותם או לשנות את תכונותיהם; מקרה שכיח לכך הוא התסיסה המתבצעת לייצור גבינות או יוגורט. ולבסוף אנו יכולים לומר שלחיידקים יש גדלים וצורות שונות.
