ההיפוקמפוס ממוקם באונה הטמפורלית המדיאלית של המוח, מתחת לפני השטח בקליפת המוח. מבנהו מחולק לשני חצאים המצויים בצד שמאל וימין של המוח. האיבר מעוקל לצורה הדומה לסוסון ים, ושמו נגזר מצימוד של המלים היווניות "היפופוטם" לסוס ו"קמפוס "לים.
ההיפוקמפוס התייחס לראשונה על ידי האנטומט הוונציאני חוליו סזאר ארנזי בשנת 1587. הוא תיאר אותו כרכס לאורך רצפת הקרן הזמנית של החדר הצדדי והשווה אותו תחילה לתולעת משי ובהמשך לסוס ים. בשנות ה -40 של המאה ה -20 טבע מנתח פריזאי רנה-ז'אק קרואסון דה גרנגוט את המונח "קורנו אמוניס", שפירושו קרנו של אמון, אל מצרי קדום.
ההיפוקמפוס אחראי להיווצרות זיכרונות ארוכי טווח וניווט בחלל. במחלות כמו מחלת אלצהיימר, ההיפוקמפוס הוא אחד האזורים הראשונים במוח שנפגעים, וזה מוביל לאובדן זיכרון ולדיסיינטציה הקשורים למצב.
ההיפוקמפוס יכול להיפגע עקב מחסור בחמצן או היפוקסיה, זיהום או דלקת, או כתוצאה מאפילפסיה של האונה הזמנית. אנשים עם נזק בהיפוקמפוס מפתחים אמנזיה וייתכן שלא יוכלו ליצור זיכרונות חדשים מהזמן או המיקום של אירוע, למשל.
במחלת אלצהיימר (וצורות אחרות של דמנציה), ההיפוקמפוס הוא אחד האזורים הראשונים במוח שנפגעו; אובדן זיכרון לטווח קצר וחוסר התמצאות הם בין התסמינים הראשונים. פגיעה בהיפוקמפוס יכולה להיות גם בגלל רעב חמצן (היפוקסיה), דלקת המוח או אפילפסיה של האונה הזמנית המדיאלית. אנשים עם נזק דו-צדדי נרחב בהיפוקמפוס עלולים לחוות אמנזיה אנטרוגרדית (חוסר היכולת ליצור זיכרונות חדשים ולשמור עליהם).
מאחר שהסוגים השונים של תאים עצביים מרובדים בקפידה בהיפוקמפוס, הוא שימש לעתים קרובות כמערכת מודל לחקר הנוירופיזיולוגיה. צורת הפלסטיות העצבית המכונה פוטנציאל ארוך טווח (LTP) התגלתה לראשונה בהיפוקמפוס ולעיתים קרובות נחקרה במבנה זה. ההערכה היא כי LTP הוא אחד המנגנונים העצביים העיקריים שבהם מאוחסנים זיכרונות במוח.
